Term
| leg uit hoe je uit een enkele lichaamscel een organisme kan groeien |
|
Definition
Skin cells of frog
- unfertilized egg
- add nucleus of frog to unfertilized egg
[image] |
|
|
Term
| Hoe worden bepaalde genen gereguleerd? |
|
Definition
Door alfa-helices in gen regulerende eiwitten binden DNA
- Leucine zipper heterodimeren (major groove)
- Zn-vinger eiwit: het zink zorgt voor een stabiele eiwitvouwing. de polypeptideketen vormt door het zinkion een lusvormige structuur die een specifieke wisselwerking kan hebben met DNA of RNA |
|
|
Term
| wat is een cis-regulatory sequence? |
|
Definition
| een regio van het DNA of RNA die de genexpressie reguleert en op hetzelfde chromosoom van het DNA ligt. Dit cis-element is een bindingsplaats voor regulerende eiwitten |
|
|
Term
| Hoe werkt de binding van een cis-regulatory sequence aan een transcription factor? |
|
Definition
DNA zit gewikkeld om nucleosome. Als het cis deel aan het uiteinde zit kan een transcriptiefactor binden. Wanneer het cis deel in het midden zit is het bijna onmogelijk om te binden.
Zodra 1 transcriptiefactor bind dan is het nucleosome gedestabiliseerd zodat meerdere factoren kunnen binden
[image][image] |
|
|
Term
| Waarom worden genregulerende eiwitten ookwel genetische schakelaars genoemd? |
|
Definition
- systemen die expressie van genen kunnen aan- of uitschakelen
- dimschakelaars |
|
|
Term
| Hoe werkt genregulatie bij prokaryoten? tekenen |
|
Definition
Simpele aan- uit schakelaar
Negatieve en positieve regulatie
Negatief: gene off --> gene on
positief: gene on --> gene off
[image] |
|
|
Term
| Hoe werkt dubbele regulatie bij prokaryoten. Noem een voorbeeld |
|
Definition
Lac repressor
geen glucose wel galactose dan is transcriptie voor glucose aan omdat de bacterie lactose aan het produceren is. |
|
|
Term
| Wat is DNA looping (prokaryoten) |
|
Definition
| Bij DNA looping 'tikt' de cis-regulatory de RNA polymerase aan zodat deze het gen gaat transctipten[image] |
|
|
Term
| Hoe werkt DNA looping bij eukaryoten? |
|
Definition
Dit is een stuk gecompliceerder. De RNA polymerase samen met het mediator protein hebben meerdere bindingplaatsen voor meerdere regulatory sequences
[image] |
|
|
Term
| Een dimer kan binden aan een cis regulatory sequence, hoe wordt deze (de)geactiveerd? |
|
Definition
Dit door co-activator of co-repressor
[image] |
|
|
Term
| Hoe werkt de algemene genregulatie in eukaryoten (2) |
|
Definition
- Promotor regio: assemblage algemene transcriptiefactoren en RNA polymerase
- regulerende sequenties (activator-repressor) : binding specifieke gen-regulerende eiwitten |
|
|
Term
| Gen activators werken via verschillende mechanismen. welke 4 zijn dit |
|
Definition
- promotes binding of additional regulators
- recruits RNA polymerase to promotor
- Releases RNA polymerase to begin transcript
- Releases RNA polymerase from pause
[image] |
|
|
Term
| Een activator zorgt voor verandering in de chromatine structuur. leg uit hoe |
|
Definition
1. transcription regulator + chromatin remodeling complex.
- nucleosome sliding
- histone chaperone --> free DNA
- histone chaperone --> histone replacement
2. Regulator + histone modifying enzyme
- specific patterns of histone modification |
|
|
Term
| Gen repressors kunnen op verschillende manieren werken (2) |
|
Definition
1.
- competitive binding
- masking of activation surface
- direct interaction with transcription factors
2.
Recruitment of histone deacetylases.
[image]
[image] |
|
|
Term
| Positieve feedback loop kan blijvende ken activatie veroorzaken (epigenetica) leg uit hoe dit werkt. |
|
Definition
[image]
- normal gene A turns gene on
- gene continues to be transcribed in absence of initial signal |
|
|
Term
| Hoe wordt verandering in histonen vastgelegd in het celgeheugen? |
|
Definition
- DNA methylering (net als reader-writer mechanisme)
- epigenetische mechanismen |
|
|
Term
| Er zijn vier verschillende mechanismen voor epigenetische overerving. noem deze |
|
Definition
- positive feedback loop
- histone modification
- dna methylation
- conformation change to aggregated state
[image] |
|
|
Term
| Hoe werkt de regulatie van RNA splicing |
|
Definition
- negative control (doet het zonder extra. repressor zorgt voor no splicing)
- positive control (doet het niet. activor zorgt voor splicing) |
|
|
Term
| Hoe werkt de controle van mRNA export naar cytoplasma |
|
Definition
Voorbeeld met HIV
- early HIV: alleen fully spliced gaan uit de cel
- late HIV: all viral proteins gaat uit de cel |
|
|
Term
| Wanneer mRNA in het cytoplasma komt moet het opgeslagen worden. dit kan door 3 dingen |
|
Definition
- P-body
- translation
- stress granule |
|
|
Term
| Voordat mRNA zomaar omgezet kan worden tot een eiwit heeft het 4 mechanismen die het translatie stop kunnen zetten |
|
Definition
- translation repressor protein
- increased temperature
- small molecule
- antisense RNA
[image] |
|
|
Term
| Noem een voorbeel van controlestart van de translatie |
|
Definition
Noem voorbeeld met Iron starvation en excess
[image] |
|
|
Term
| HOe werkt de controle van mRNA afbraak? |
|
Definition
MicroRNA bind to argonaute forming a RISC
if extensive match mRNA is degraded
less match translation reduced - intro p-body - degradation
[image] |
|
|
Term
| RNAi small interfering siRNA. hoe werkt dit bij RNA translatie |
|
Definition
double stranded RNA is diced. forming a RISC (match=degradation, no match = less activation) or histone methylation
[image] |
|
|
